Ο Χαράλαμπος Μπαμπούνης γεννήθηκε στον Αδάμαντα Μήλου Κυκλάδων το 1952 και σπούδασε στο Ιστορικό και Αρχαιολογικό Τμήμα της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών. Το 1998 αναγορεύθηκε διδάκτορας Νεότερης Ελληνικής Ιστορίας και το 2009 εξελέγη Αναπληρωτής Καθηγητής στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Αθηνών. Δίδαξε, παράλληλα, ως επισκέπτης Καθηγητής σε Πανεπιστήμια του εξωτερικού. Σήμερα είναι υπεύθυνος της κατεύθυνσης "Ιστορία και Διδακτική της Ιστορίας - Λαογραφία και Πολιτισμός" του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών του τμήματός του και διευθυντής του Εργαστηρίου των Κοινωνικών Επιστημών στο ίδιο Τμήμα. Το συγγραφικό του έργο αναφέρεται κυρίως στην ιστορία του 19ου και 20ού αι., στην ιστορία των θεσμών, στις ιστορικές πηγές, στην τοπική ιστορία, στην ιστορία της εκπαίδευσης καθώς και σε θεωρητικά και μεθοδολογικά ζητήματα της ιστορίας.