Ο Αθανάσιος Μποχώτης γεννήθηκε στην Αθήνα το 1966. Έκανε τις προπτυχιακές σπουδές του στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης (1984-1988). Στο ίδιο τμήμα υποστήριξε το 1999 τη διδακτορική διατριβή του με θέμα: "Η κριτική της κοινοβουλευτικής δημοκρατίας στο ελληνικό κράτος, 1864-1911". Εργάστηκε στο Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών (1989-1992 και 1999-2002), στο ερευνητικό πρόγραμμα "Αρχαιολογία και Πολιτική", υπό τη διεύθυνση του Αθανασίου Καλπαξή. Επίσης είναι μέλος της Εταιρείας Μελέτης Νέου Ελληνισμού (ΕΜΝΕ). Διδάσκει, από το 2001, σύγχρονη Ιστορία στο Ανοιχτό Πανεπιστήμιο και στο Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Κρήτης.