Η Σοφία Μιχαλάκη σπούδασε Φιλοσοφία, Παιδαγωγική και Ψυχολογία στη Φιλοσοφική Σχολή του Εθνικού & Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Απέκτησε μεταπτυχιακό τίτλο στις Ευρωπαϊκές και Διεθνείς Σπουδές από το Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης του ιδίου Πανεπιστημίου. Από το 2006 είναι υποψήφια διδάκτωρ του Τμήματος Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης. Μιλά την αγγλική, τη γερμανική, την ισπανική και την πορτογαλική γλώσσα.
