Ο Κώστας Γαγανάκης γεννήθηκε στη Γλασκώβη (Βρετανία) τον Μάρτιο του 1961. Σπούδασε στα πανεπιστήμια της Θεσσαλονίκης και της Γλασκώβης, όπου το 1988 αναγορεύθηκε διδάκτορας στη Νεότερη Ευρωπαϊκή Ιστορία. Από το 1996 διδάσκει πρώιμη νεότερη ευρωπαϊκή ιστορία στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Ειδικεύεται στην κοινωνική και πολιτισμική ιστορία της Μεταρρύθμισης, με κύριο πεδίο αναφοράς τη Γαλλία των Θρησκευτικών Πολέμων του 16ου αιώνα. Πέρα από το πρώτο του βιβλίο ("Ο πόλεμος των λέξεων. Θρησκευτική διαμάχη και προπαγάνδα στη Γαλλία τον καιρό της Νύχτας του Αγίου Βαρθολομαίου", Αθήνα, Νεφέλη, 2003), έχει συγγράψει άρθρα σχετικά με την κοινωνική και πολιτισμική ιστορία της κρίσης της Μεταρρύθμισης, και με την ιστοριογραφία του 16ου αιώνα. Είναι μέλος της συντακτικής επιτροπής του περιοδικού Historein/Ιστορείν.
