Ο Κλέαρχος Μποντίνης γεννήθηκε σε μια αγροτική οικογένεια στη Χειμάρρα το 1945. Μετά από το δημοτικό σχολείο και το λύκειο που τελείωσε στη Χειμάρρα συνέχισε και ολοκλήρωσε τις σπουδές του το 1968 στην ιατρική, στο Πανεπιστήμιο των Τιράνων. Έκανε έναν χρόνο ειδίκευση στο νοσοκομείο του Αυλώνα και των Τιράνων στα τμήματα της παθολογίας, χειρουργικής και γυναικολογίας. Από το 1970 έως το 1992 εργάστηκε ως γενικός ιατρός στην Αλβανία στα νοσοκομεία της Σελενίτσας, του Αυλώνα και της Χειμάρρας, όπου για μεγάλο χρονικό διάστημα εκτέλεσε και χρέη επιστημονικού και διοικητικού διευθυντή. Το 1991 έδωσε εξετάσεις στο Πανεπιστήμιο της Πάτρας και αναγνωρίστηκε το ιατρικό του πτυχίο στην Ελλάδα. Από το 1993 έως το 2001 εργάστηκε για τρία χρόνια ως αγροτικός ιατρός στον νομό της Αιτωλοακαρνανίας και αργότερα για άλλα πέντε χρόνια σε νοσοκομεία της Αθήνας, όπου απέκτησε και τον τίτλο του παθολόγου μετά από εξετάσεις που έδωσε στο πανεπιστήμιο. Από το 2001 εργάστηκε στην Αθήνα ως ελεύθερος επαγγελματίας στο δικό του ιδιωτικό ιατρείο, ως επιστημονικός διευθυντής σε ιδιωτική κλινική, ως ελεγκτής ιατρός κ.ά. έως το 2013, οπότε και συνταξιοδοτήθηκε.