Γεννημένος στην Ιεράπετρα της Κρήτης, ο Γιάννης Πυργιωτάκης ανήκει στην πρώτη μεταπολεμική γενιά, που τράφηκε με τα βιώματα της πολυτάραχης και ποικιλότροπα στερημένης αυτής της περιόδου. Είναι καθηγητής της Κοινωνιολογίας της Εκπαίδευσης στο Πανεπιστήμιο Κρήτης και διετέλεσε Αντιπρύτανης του ίδιου Πανεπιστημίου για δύο τριετίες. Στο πλούσιο ερευνητικό και συγγραφικό του έργο συγκαταλέγονται δέκα βιβλία και περί τις πενήντα αυτοτελείς μελέτες και μονογραφίες. Με πρόσκληση του Υπουργού Παιδείας του Γερμανικού κρατιδίου της Έσσης δίδαξε ως επισκέπτης Καθηγητής στο Πανεπιστήμιο της Φρανκφούρτης και είναι τακτικός επιστημονικός συνεργάτης και μέλος της κεντρικής ερευνητικής ομάδας του Γερμανικού Ινστιτούτου για διεθνή Παιδαγωγική Έρευνα. Έχει προσκληθεί και έχει δώσει πολλές διαλέξεις σε διάφορα Πανεπιστήμια στη Γερμανία, την Αγγλία και την Ελβετία. Έχει λάβει μέρος σε πολλά διεθνή συνέδρια, είναι μέλος αρκετών διεθνών επιστημονικών εταιρειών και έχει διατελέσει πρόεδρος της Παιδαγωγικής Εταιρείας Ελλάδος.