Η Ιωάννα Καρυστιάνη γεννήθηκε στις 8 Σεπτεμβρίου του 1952 στα Χανιά της Κρήτης από γονείς Μικρασιάτες. Σπούδασε νομικά. Επαγγελματικά ασχολήθηκε με το σκίτσο και την εικονογράφηση (με το όνομα "Ιωάννα"). Δούλεψε στην εφημερίδα "Ριζοσπάστης", στα περιοδικά "Τέταρτο", "Ένα", "Εικόνες", και σε ξένες εφημερίδες. Εμφανίστηκε για πρώτη φορά στη λογοτεχνία το 1994, με τη συλλογή διηγημάτων "Η κυρία Κατάκη". Ακολούθησε το μυθιστόρημα "Μικρά Αγγλία", το οποίο τιμήθηκε με το Κρατικό Βραβείο Μυθιστορήματος, το 1998, και ήταν υποψήφιο για το Ευρωπαϊκό Αριστείο Λογοτεχνίας και για το λογοτεχνικό βραβείο Balkanika. Το επόμενο μυθιστόρημά της, "Κουστούμι στο χώμα", τιμήθηκε με το βραβείο μυθιστορήματος του περιοδικού "Διαβάζω" το 2001.
Είναι παντρεμένη με τον σκηνοθέτη Παντελή Βούλγαρη και μητέρα των σκηνοθετών Αλέξανδρου Βούλγαρη ("Κλαις;", "Ροζ") και Κωνσταντίνας Βούλγαρη ("Γιούπι", "Με τα φώτα νυσταγμένα", "Βαλς Σεντιμεντάλ").
