Ο Γιάννης Γούναρης είναι απόφοιτος της Νομικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών και του London School of Economics, όπου πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στο Δημόσιο Διεθνές Δίκαιο. Ασκεί τη δικηγορία και είναι υποψήφιος διδάκτορας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Θέμα της διδακτορικής του διατριβής είναι η σχέση μεταξύ της νέας βιοτεχνολογίας και των θεμελιωδών δικαιωμάτων και η αποτύπωση αυτής της σχέσης στο ευρωπαϊκό και το εθνικό Δίκαιο, ιδιαιτέρως όσον αφορά στη συζήτηση περί των Γενετικά Τροποποιημένων Οργανισμών.