Ο Εμμανουήλ Ρούκουνας γεννήθηκε (το 1933) και μεγάλωσε στο Ζαγαζίκ της Αιγύπτου. Σπούδασε στο Παρίσι, στη Νέα Υόρκη και τη Χάγη. Εντεταλμένος υφηγητής (1970), έκτακτος (1978), τακτικός (1980) καθηγητής της Νομικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών. Ομότιμος καθηγητής του Πανεπιστημίου Αθηνών (2001). Mέλος του Ινστιτούτου του Διεθνούς Δικαίου (Γενεύη 1993), του Διεθνούς Μονίμου Δικαστηρίου Διαιτησίας (Permanent Court of Arbitration, 2001), της Επιτροπής Διεθνούς Δικαίου των Ηνωμένων Εθνών (1985-1991), της Επιτροπής των Ηνωμένων Εθνών για την κατάργηση των φυλετικών διακρίσεων (1983-1985), της Διεθνούς Επιτροπής Βιοηθικής της Ουνέσκο (1998-2003), της Επιτροπής Εμπειρογνωμόνων της Ευρωπαϊκής Ενώσεως για την Κεντρική Aμερική (1995-1999). Από το 1993 έως το 1999 ήταν εκπρόσωπος του Γενικού Γραμματέα των Ηνωμένων Εθνών για τη Δυτική Σαχάρα. "Δικηγόρος και σύμβουλος" της Ελλάδος στην υπόθεση της υφαλοκρηπίδας του Αιγαίου ενώπιον του Διεθνούς Δικαστηρίου της Χάγης (1976-1978). Mέλος της Ομάδας Εμπειρογνωμόνων της ΔAΣE για τα Βαλκάνια (1991-1992), της Διευθύνουσας Επιτροπής Βιοηθικής του ιδίου Συμβουλίου (από το 1993), της Διευθύνουσας Επιτροπής Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων του Συμβουλίου της Ευρώπης (από το 1999). Εκπρόσωπος ή μέλος της αντιπροσωπείας της Ελλάδος στην Επιτροπή των Ηνωμένων Εθνών για τα ανθρώπινα δικαιώματα, στη Γενική Συνέλευση των Ηνωμένων Εθνών (3η και 6η Επιτροπή), στο NATO και σε άλλους διεθνείς οργανισμούς και διασκέψεις. Δίδαξε δύο φορές (1987, 1997) στην Ακαδημία Διεθνούς Δικαίου της Χάγης, καθώς και στο University College του Λονδίνου και στα Πανεπιστήμια Παρίσι I και XII, Bordeaux, Aix-en-Provence και San Sebastian (Iσπανία).
Το συγγραφικό του έργο εστιάζεται στο διεθνές δίκαιο, τη διπλωματική ιστορία και πολιτική, τα ανθρώπινα δικαιώματα καθώς και τη βιοηθική.