Η Έλλη Γιωτοπούλου-Σισιλιάνου γεννήθηκε στην Κέρκυρα, όπου έζησε τα πρώτα παιδικά της χρόνια. Πτυχιούχος του Ιστορικού-Αρχαιολογικού Τμήματος του Πανεπιστημίου Αθηνών, πήρε το διδακτορικό της από το Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Στην πρώτη φάση της σταδιοδρομίας της ασχολήθηκε με τη Μέση Εκπαίδευση ως καθηγήτρια στο Αμερικανικό Κολλέγιο Θηλέων (1946-1965). Τον Φεβρουάριο του 1965 εξελέγη μέλος του νεοσύστατου τότε Παιδαγωγικού Ινστιτούτου, το οποίο ανέλαβε την εφαρμογή της Εκπαιδευτικής Μεταρρύθμισης του 1964, όπου και παρέμεινε έως την κατάργησή του από τη δικτατορία των συνταγματαρχών (1967). Μέλος του διδακτικού προσωπικού του Πανεπιστημίου Κρήτης (1979-1981), εξελέγη καθηγήτρια του Ιονίου Πανεπιστημίου και μέλος της Διοικούσας Επιτροπής του από την ίδρυσή του (1984). Διετέλεσε Πρόεδρος της Διοικούσας Επιτροπής του Ιονίου Πανεπιστημίου από το 1990 ως το 1993.